西北的准噶尔部，自崛起之后，一直都是清朝的心腹大患。康熙在位时，曾三次御驾亲征，虽打败了准噶尔部首领噶尔丹，但没能彻底解决准噶尔问题。
噶尔丹被平定后，准噶尔部的权力由策旺阿拉布坦掌握。策旺阿拉布坦是噶尔丹的侄子，但其野心丝毫不亚于噶尔丹，他无视清廷的警告，多次制造边境争端，祸乱西域，于是便有了康熙晚年派遣胤禵为抚远大将军之事。但康熙采取的是防御性策略，结果就是胤禵只将准噶尔势力逐出西藏，威胁没有解除。
雍正刚继位时，对外的重点是处理与罗卜藏丹津的矛盾，对准噶尔问题也暂时放到一边，还将防守准噶尔的军队撤回内地。策旺阿拉坦也表示出诚意，派遣使者进京谈和，形势有所缓和。
雍正二年，罗卜藏丹津兵败后，逃往准噶尔，策妄阿拉布坦将其接纳，这就使西北问题复杂化了。雍正既担心罗卜藏丹津东山再起，又担心准噶尔利用罗卜藏丹津再次反叛并趁机入侵西藏，更担心他们联合沙俄扰乱西北。
雍正派遣使者索取罗卜藏丹津，策旺阿拉布坦拒不交出。因为这件事，清朝与准噶尔关系再次恶化，双方继续对峙。
随着内部的稳定，国库逐渐充盈，胤禵、胤禩等对手也被清理，雍正有机会腾出手来，专注解决准噶尔问题。雍正五年，策妄阿拉布坦去世，噶尔丹策零继位，向雍正申请入藏为其父“设供”。雍正非常担心噶尔丹策零有不法举动，因而将其拒绝，双方的矛盾也公开化。
经过两年的储精养锐，雍正任命傅尔丹为靖便大将军，率兵三万两千出师北路，进攻阿尔泰；任命川陕总督岳钟琪为宁远大将军，率兵三万六千人出西路，进军巴里坤。两路大军，于雍正五年五月启程，拉开了雍正征讨准噶尔的序幕。
西北用兵，比拼的不仅是战场胜负，对后勤也是一个巨大考验。游牧民族骑兵作战，机动性比较高，战争消耗比较小，甚至可以以战养战。
对农耕文明而言，后勤的成本远高于游牧文明，司马迁曾记载，汉武帝运三十石粮食去西域，只有一石可以当作前线士兵的粮饷，因为来回时间长，大多都被运输人员消耗。雍正朝的军粮运输问题，也好不到哪儿。
在宣战前，雍正还只能“低调”地运送，他命令田文镜准备三千匹骆驼和骡子，交给岳钟琪。但是，用骆驼、骡马运送粮草，又容易被对方机动性更高的准噶尔截取。岳钟琪就提议用车战，即建造长五尺、宽二尺的战车，一个人推送，四个人护送，行军时车上装满补给，驻防时用车作为军营屏障。雍正采纳其建议，对此表示满意。
经过排兵布阵，军粮运输，雍正认为准备好了，可以找准噶尔摊牌了，就在雍正七年二月发布圣旨，对准噶尔一通乱骂，说噶尔丹策零如何忘恩负义，丝毫没有悔改之意，出兵讨伐是为了完成康熙未竟的事业，如不将其彻底平定，将来危害甚大。
这时，叛逃的罗卜藏丹津想谋害噶尔丹策零，但最终失败被抓。噶尔丹策零是一个十分狡猾之人，他利用这件事拖延时间，派遣使者去京城，告诉雍正，已将罗卜藏丹津抓获，愿意献给大清，希望朝廷不要出兵。
岳钟琪对噶尔丹策零的诚意表示怀疑，但雍正却认为事情可信，就下令先不要进军。准噶尔乘机出兵两万，进攻科舍图的清军，夺走牲畜无数，清军主帅查廪仓皇出逃。
此战，清军损失惨重。参赞大臣纪成斌准备处决查廪，幸亏被及时赶到的岳钟琪救下。但查廪恩将仇报，反咬一口，上密折弹劾岳钟琪。
科舍图遇袭，雍正开始不信任西路军，甚至怀疑岳钟琪。雍正九年三月，任命都统伊里布为副将军，开始监视岳钟琪；五月，再派石云倬前往西路军，进一步牵制岳钟琪；后又派查郎阿取代岳钟琪川陕总督的位置。用人不疑，疑人不用，当前线主帅被雍正处处掣肘，将领频繁更换时，必然会出现军心不稳，进一步削弱战斗力。
噶尔丹策零得知西路军缺乏牲畜，后勤保障出问题，一时半会难以主动出击，于是，他仅留少部分兵马牵制西路军，亲率三万兵马，进攻北路军。
北路军统帅傅尔丹听信噶尔丹策零散布的假情报，以为准噶尔内部分裂，来的只有一千多老弱病残，仓促应战且孤军深入，结果被准噶尔“包了饺子”，丢盔弃甲而逃。
这时，军机处的弊端暴露无遗，将领没有相机行事之权，更不能随意出兵。岳钟琪请求进攻乌鲁木齐，以分散敌人势力。雍正批准后，岳钟琪从巴里坤出发，兵分三路进攻乌鲁木齐，还好大获全胜，稍微扭转战局。
雍正十年二月，准噶尔进攻哈密。当时的岳钟琪驻守巴里坤，得知消息后马上下令出击，并命石云倬切断敌军后路。石云倬对岳钟琪的命令不以为然，进展缓慢，等他到达时，被击退的准噶尔军早已逃脱。
北部战线这边，喀尔喀蒙古亲王会同顺承郡王锡保夹攻敌人，准噶尔大败，但北路军新任统帅马尔塞却不配合出战，导致噶尔丹策零逃脱。
雍正十二年，准噶尔已无力再战，遣使求和。朝廷劳师糜资，收效不大，雍正只好同意议和。
秋媚说：这场战争，看似平局，从损失上来看，清廷是失败的。失败的主要原因，在于雍正，他不明敌情，结果中了敌人的缓兵之计。他成立的军机处，虽然起到皇帝集权的作用，但如同一顶将领头上的“紧箍咒”，排兵布阵都需要皇帝同意，前线将领的自主权也因此而丧失。此外，雍正本人对前线将领的不信任，安排岳钟琪却又让人制衡他，导致战争效率低下，难以及时把握战机。
