清代的司法机构，地方上是州县到省级督抚，中央主要是刑部和三法司，另外死刑犯需经朝审和秋审由皇帝亲自勾决。原则上，司法审判要遵循逐级转审的原则，即从州县到督抚再到刑部这样一个过程。下面具体来讲。
先说地方
地方最基层的就是州县，案件发生在社会基层，社会基层的主要负责官员——州县的长官，负责调查、检验、缉捕、审讯、录供、取证及把案情汇集成公文，拟出判词再上报这一整个过程，这个过程非常重要，以后的判处基本都是以此为依据。
按例，凡应判为笞杖罪者，州县长官有终审判决权，随即施刑，结案例称“自理”，只需要定期汇报即可。其词讼案件，每月设循环簿，申送道、司、督抚查考，巡道的道员巡历时，查核循环簿，如有未完者，勒限督催其审结。应判徒刑以上的，州县一级无终审判决权，须转报府、直隶州厅及以上机构逐级转审、复核。
府、直隶州、直隶厅及某些道，为第一级转审机构。复审厅州县解来的罪犯，查核所上报的案情是否属实，有无作伪、值得怀疑之处，有无翻供情况，判拟是否妥当，再出具“看语”即本转审级的意见，上报本省级的按察司。有异议者，则驳会。另外，此级机构还受理军民不服厅州县判拟的上诉案件。
按察司是省级司法机关，为第二级转审机构。负责对第一级转审机构的徒刑案件作复核，流刑以上犯人进行复审。有异议，则驳回重审，或改发别的州县审理。无异议者，上报督抚。按察司还办理本省的秋审事务。此外，省级各文武衙门的胥吏、幕友、长随等非职官辅助行政人员的轻微罪行的审理，也掌于按察司。
总督、巡抚为各省最高长官，也是转审程序中第三级转审机构的官员。设巡抚之省，由巡抚负责，不设巡抚之省如四川、直隶、甘肃，由代理该省巡抚的总督负责。重大案件，设巡抚之省的总督也有此项职责。
督抚在司法上的主要职责是：一，批复按察司复核无误的徒刑案件，下达执行，汇案于刑部咨结；二，审核按察司对军、流案件复审后的意见，若无疑问，则以题本上报皇帝，以题本之副本——揭帖送刑部为主的三法司，先交到通政司，由通政司将题本转交内阁，揭帖转交三法司。
再来说说刑部和三法司
刑部是一般流、军罪，刑部审核判决，批复上报的机构。按季汇题上报。死罪若是属于谋反、大逆、恶逆、不道、劫狱，以及江洋大盗、会匪、强盗，拒杀官差，罪应斩枭者，由刑部专折具奏上报皇帝。其余罪应凌迟、斩决枭示之案，会同三法司具题请示。其盗劫案件，兼会同大学士详议。
一般命案，内阁接到通政司转交的督抚关于死刑案件的题本，拟出初步处理意见即票拟供皇帝裁决参考，皇帝批示意见，由内阁之批本处官员及内阁大学士，先后用满、汉红字批于题本上，为批红。这一程序的批红意见，一般是三法司核拟具奏。
实际上，三法司接到揭帖后，就开始由下属分支机构官员——刑部的各省分工对口的清吏司官（郎中、员外郎、主事）、都察院的各省分工对口之道的监察御史、大理寺所分管省的左寺或右寺的寺官（寺丞、评事）对各省案件先进行复核，查案情有无疑问、判拟是否符合律例，并合议拟具意见，这一程序叫“会小三法司”，简称“会小法”。
小三法司官员将会议结果各自上报堂官即长官，三个机构的堂官再会议核拟，称为“会大三法司”，简称“会大法”，核拟结果，由刑部主稿拟具题本，以三法司的名义题报皇帝。实际上，三法司会议核拟往往是走形式，往往是刑部拟出意见后，都察院、大理寺随从画题。
由刑部主稿、以三法司名义上的核拟意见的题本，仍送内阁，由内阁查核后票拟意见，送皇帝裁决。皇帝对死刑案件作最终判决，或“依议”或改判，皇帝终审意见，由批本处批红的题本，发回内阁，由刑科抄发刑部，刑部再传达。判“立决”者，传知有关机构执行。判“监候”者，待秋审或朝审时再审核。
最后说说秋审和朝审
秋审、朝审是对判监候死刑犯作进一步审核。凡秋审、朝审后列为死刑情实者，还须叙案由，记入督抚的判语，刑部将本部的判语叙于其后，缮为黄册进呈皇帝，以备皇帝勾决。
勾决在冬至前六十日内，根据不同省份距京城的远近，依次进行，由钦天监择期按各省远近决定日期。最早为云南、贵州，次四川、广西、广东、福建、盛京、陕西、甘肃，次湖北、湖南、浙江、江西，次安徽、江苏，次河南，次山东、山西，次直隶，最后是京师的朝审者，于冬至前十日，遇停勾之次年则于冬至前五日。
皇帝勾决的地点是在懋勤殿，由皇帝主持，设黄册于御案，奏本学士以名单捧置案上，奏勾到某省，大学士一人展汉字于本案，奏本学士奏各犯姓名，恭候皇帝阅览黄册，大学士等各阅所携小折，等皇帝降旨，批红后即交刑部办理。刑部接到批红后，交刑部清吏司按各省远近定文到之限期。
处决京师死刑犯，按例要由刑部侍郎一人监视行刑。每司各派司员二人将罪犯押赴市曹，步军统领衙门派步军护送。刑部侍郎会同都察院刑科给事中赴法场，京畿道御史携勾决红本交于刑部侍郎，该侍郎遵旨行刑毕，复命。
凡勾决之罪犯，皆榜揭以公布示众，由大学士、军机大臣会同刑部将已勾、未勾各案情节摘叙简明事由，奏闻皇帝后，行知各督抚，于处决罪犯时在通衢大道张贴，晓谕民众。京师者，则由刑部榜示。
整体而言，清代司法在程序上较为严谨，从地方到中央采取了转审制，这样即可避免冤假错案的发生，也可以起到很好的监督作用。但说到底，司法的最高权力仍然在皇帝手中，生杀予夺，皆出自圣意。
