谈到晚清时期太平天国运动，就不能不提到如今依然迷雾重重的“天京事变”，尤其事变发生的具体原因，历来都是争论不休。主流看法是，杨秀清自以为功劳巨大，威望如日冲天，于是逼洪秀全封“万岁”；洪秀全为了“自卫”，只能下达勤王诏令，让北王韦昌辉、翼王石达开、燕王秦日纲等在外地统兵将帅回京诛杀杨秀清。
另一种观点则是，韦昌辉、石达开两人对杨秀清嚣张跋扈，欺君犯上之作风大为不满，于是“密谋诛杨”。李秀成《自述》中说：“东王不尊君，北与翼密，杀东王及兄弟仨”。无论何种观点，“天京事变”跟杨秀清嚣张跋扈之作风不无关系，甚至是主要原因之一。杨秀清人际关系太差，不但得罪天王，连手握重兵之诸侯王也得罪一遍，这麻烦就大了。
1856年，这是太平天国最辉煌之一年，也是最令人痛心之一年。4月，翼王石达开在江西樟树镇击败湘军大将周凤山，湘军陆师5000余人全线被溃败，曾国藩被迫退守南昌孤城。此时，胡林翼、罗泽南、李续宾所部湘军被牵制在湖北武昌，根本无法抽身救援南昌，绿营军官平时跟曾国藩就矛盾重重，也没谁乐意出兵为之解围，曾国藩可谓是叫天天不应，叫地地不灵。
幸运的是，石达开奉东王命令率翼殿将士东征，与燕王秦日纲、丞相陈玉成等合力摧毁“江南大营”，统帅向荣、提督张国梁等败逃丹阳，长达三年之久的天京之围宣告解除。此时，除了胡林翼在湖北比较具备实力外，清军在各条战线均被迫采取守势。不过，翼王石达开在摧毁“江南大营”后，再次挥师西征，胡林翼压力相当大。
随着军事上的胜利，东王杨秀清的威望也不断提高，野心也开始膨胀。他觉得太平天国能有今日之辉煌，自己功不可没，甚至是占有百分九十功劳。在“军师负责制”下，宅男洪秀全不理会政事，平时又贪图享乐，这让他很是不满，也更加瞧不起洪秀全。为此，杨秀清假托“天父下凡”，让洪秀全亲自到东王府，并强迫他给自己封“万岁”。不管是有心当“万岁”，还是为了博得“虚名”，杨秀清这种做法，让本已无权的洪秀全更加提心吊胆，惶惶不可终日。
所以，韦昌辉率兵回来发动“天京事变”，将杨秀清诛杀时，洪秀全应该感到高兴，这一点毋庸置疑。但是，杨秀清死后，洪秀全为何不阻止韦昌辉大开杀戒呢？毕竟共同的敌人已经解决了，没必要将事态扩大化。“纵横国史”看来，两点原因很重要。
首先是，洪秀全想阻止，但没能力。从理论上讲，天王洪秀全是太平天国的最高统治者，是事实上的“皇帝”，拥有至高无上之权力；只要天王下令，群臣都要毫无保留地给予实行，否则是欺君罔上，诛杀九族。但是，事实并非如此，洪秀全压根就没什么权力，他想阻止韦昌辉，估计比较难。
在“军师负责制”下，天王临朝不理政，只是作为“虚位”元首存在，是太平天国统一的象征。洪秀全没有亲自到紫荆山传教，除了秦日纲，紫荆山区拜上帝教徒跟他关系一般，不一定乐意听他指挥。再则，洪秀全是外来人（广东人），桂平县搞团营时，他没有发展出直属于自己的武装力量。
可以说，洪秀全没啥权力，既无法直接向各王发号施令（东王才有此权力），也不能调动军队阻止事态扩大。所以，他指挥不动韦昌辉，如果北王不买账，洪秀全也是无可奈何。
更重要的是，洪秀全想让东殿、北殿、翼殿、燕殿等各实力派自相残杀，以收渔翁之力，从而掌握国家大权，成为名副其实的专制君主。如果按照“军师负责制”政体运行，就算杨秀清死后，国家大权也轮不到自己掌握，前面还有北王韦昌辉和翼王石达开这两大实力派，“军师”只能从他俩选出。
洪秀全是一个志存高远之人，虽然意志不坚定，但对权力还是有诉求，否则也不会冒着被诛杀九族之危险创建拜上帝教，发动金田起义。不过，事与愿违，洪秀全率先拉冯云山创业，并倡导天下“兄弟姐妹”一起“诛妖”，共同创建人人平等的人间天国。为此，洪天王自称上帝耶和华第二子，耶稣基督亲弟弟，作为上帝使者来到人间带着大伙奔向美好前程。但是，到头来，洪天王却成为“虚位”元首，被半路靠“跳大神”起家的杨秀全夺取了权力。
杨秀清靠“跳大神”起家，萧朝贵也是一样，杨是“代天父传言”，萧则是“代天兄传言”，都是利用神灵来包装自己，从而能在政教合一的太平天国里挤进了领导层。石达开、韦昌辉则不一样，他俩是“大股东”，没有他俩大量资金的注入以及带着几千族人入伙，拜上帝教很难在短期内扩充力量，从而具备发动起义的条件。所以，杨秀清、萧朝贵、韦昌辉、石达开等均掌握实权，并在自己府上设置一套行政机构，俨然就是独立的王国。
杨秀清死后，韦昌辉、石达开必定会因权力之争而大开杀戒，如果自己出面澄清事实，韦昌辉、石达开则没有动手之理由。但是，自己还是会继续受制于韦昌辉和石达开，这跟受制于杨秀清并没什么区别，只是在头上换了一位太上皇而已。为了夺取最高权力，洪秀全只好纵容或者默许韦昌辉大开杀戒，给了石达开起兵靖难之理由，最终由自己收“渔翁之利”。
洪秀全想法也许没错，韦昌辉滥杀无辜之结果确实引起了翼王不满，最终两者继续内斗，将“天京事变”扩大化。不过，洪秀全并没实现大权独揽，杨秀清、韦昌辉、石达开离开他后，各地诸侯王便不再听从中央号令，他依然是光杆司令一枚。此外，湘军趁着“天京事变”之良机，恢复了元气，最终将太平天国灭掉。
