第一，营养成分。
水溶肥料指完全可溶于水的复合型肥料，形态主要分固体和液体，养分含量分为大量元素、中量元素和微量元素水溶肥料，市场上也普遍存在含氨基酸、腐植酸等功能性水溶肥料。
水溶肥不仅种类较多，而且配比多样，如氮磷钾配比均衡的平衡型肥料、高氮肥、高钾肥和高磷肥等，同时肥料本身还包含对不同作物生长起关键作用的各种中微量元素。
而传统的复合肥虽然都是包含两种及两种以上元素的肥料，但主要成分仅为氮磷钾，配方及营养元素相对单一。
第二，方法用量。
水溶肥的使用区域较为广泛，几乎适用于我国各个地区，采取的施用方法主要为叶面喷施、膜下滴灌、根部冲施及山地喷灌等，可针对不同地域种植环境的特点制订最佳的施用方法，而不像复合肥一样必须完全用于种植作物的土壤下面。
第三，作用效果。
水溶肥主要作为作物的追肥来使用，与其他传统追肥如尿素的不同点在于水溶肥是速效型肥料，作物吸收速度较快，但施用之后效果的持续时间较为短暂，仅适合作物生长期间的需肥高峰期，而复合肥一般是作为种植底肥和追肥来使用。
