乙肝既是一种传染疾病，也是一种慢性进展疾病。如果从慢性乙肝发展到肝硬化、肝癌，任意一个阶段只要经过有效治疗，这个发展过程理论上是能够延缓甚至阻止的。
乙肝治疗分阶段，转氨酶复常，肝脏炎症缓解是首要
彻底治愈乙肝，虽然短期内还无法实现，但是想要实现临床治愈还是可以的。彻底治愈，指的是乙肝表抗原阴转，这一点依然还是医药学研究的难点，短时间还没有特效药可以使它阴转。包括核苷类药物和干扰素，虽然，也曾经有长期使用后，促使乙肝表面抗原阴转案例，但有个体差异。
临床治愈，指的是基本满足治疗终点指标要求，即HBV-DNA检测不到，e抗原阴转，乙肝e抗体转阳，肝功能恢复到正常水平，肝组织学检查得到改善等等。这样的指标，就说明肝病已经得到良好控制与正常一样，因此也称为临床治愈。
乙肝治疗目标应该分阶段进行，治疗目标也不是只有唯一选项。首先，要强效抑制乙肝病毒复制或者实现清除，体内没有乙肝病毒存在，慢性肝炎才不会继续进展。也正是因为存在乙肝病毒，才会导致免疫细胞对病毒发起攻击，也就是免疫反应。这种免疫反应，对于乙肝患者而言，通常是不彻底的，难以清除病毒，反而会引起肝损害。
所以，从药学理论方向，先应该观察转氨酶是否已经恢复正常，转氨酶正常就说明肝脏没有炎症反应。其次，短时间实现清除乙肝病毒药物是还没有的，但是，我们可以通过乙肝e抗原的阴转，侧面了解乙肝病毒是否仍在复制。如果e抗原发生血清学转换，再加上HBV-DNA检测不到，转氨酶恢复正常，就说明达到治疗效果。
慢性乙肝治疗最终目标是，防止慢性乙肝发展到肝硬化阶段，避免肝硬化今后继续转化为肝癌。所以，“乙肝治愈”这个想法应该客观理解，只要经过规范治疗阻止继续发展到肝硬化、肝癌，就说明抗病毒治疗有效。短期来看，想要彻底实现乙肝表面抗原消除，并不现实。
