一直以来很多人认为会认为清朝时候满人和蒙古人关系特别好，亲如一个民族似的，大清皇帝时常和蒙古大汗一起狩猎。但真实情况真的是这样吗？，非也，其实满清一直非常提防着蒙古人的，而且采用了亡族灭种的策略。
我们都知道，自成吉思汗以来，蒙古人都是彪悍的象征，他们的骑射并不比满族人弱太多，而且在清末，除了汉军，就蒙古僧格林沁稍微能打点。所以，可以想象，如果他们一旦造起反来，可能就要来一次“蒙军入关”了。而清廷也不傻，为了防止这种事情发生，他们采取的措施就是要极大的限制蒙古族。一方面就是不能让蒙古人之间以及蒙古人和汉人之间往来，要想得汉人天下，首先就得自身团结，然后跟汉人联合。要知道满清当年可以入关，多多少少也是靠吴三桂。明朝不是败在清军手里，而是败在自己人手里，李自成、张献忠、吴三桂等内贼的手上。
所以满清为了防止蒙古人过于团结，在蒙古实行了旗界封闭制度，即清朝统治者在厚养蒙古头领人物的同时，又将蒙古分为了两百多个盟和旗，始终被束缚在各自的地域，不相统属，不能统一在一起，这样就不会对满清的统治构成威胁。甚至康熙《大清会典》规定：“外藩蒙古不得越旗畋猎。越境游牧者：王罚马十匹；贝勒、贝子、公罚马七匹；台吉罚马五匹；庶罚牛一头。”比如喀尔喀原来是三部三十七旗，后来增为五十五旗，雍正时分为四部七十四旗，乾隆时又增为八十二旗。又如青海和硕特蒙古，原是个统一的部落。雍正二年，清廷以其首领罗卜藏丹津叛乱，将它编为二十一旗，并长期不设盟长，连同其它各部蒙古，共二十九旗，统归于西宁办事大臣辖领。乾隆三十六年，土尔扈特部蒙古由欧洲伏尔加河下游回到伊犁后，清廷又将其部编为新旧二部，分归两地进行游牧。这样，蒙古人旗与旗、部落与部落之间自然就生疏，防范，有所戒备和嫌隙，更遑论团结了。
至于与汉人的交流，满清政府禁止的就更严了，如道光年间规定：蒙古人只准以满州蒙古字义命名，不准取用汉人字义，而且还规定，蒙古王公台吉等不准请内地书吏教读，或充书吏，其公文量词也不得擅用汉文。而且还禁止内地人出关种地和经商，内地出关经商者必须持有理藩院发的票证，而且限定一年期限，不准滞留各部娶妻生产，不准取蒙古名字等等。满清通过这些严格的法律来隔离蒙古与内地汉族地区的交往，严格的游牧界限强化了草原民族的生态封闭性，而这一点恰恰与游牧社会的生产力要求不相符合，从而使蒙古人民无法获得汉族先进的生产技术和生产工具，始终处于游牧的地位，三百年不能进一步的发展。从而使得除贵族以外的蒙古人民生活极其困苦潦倒，从而使得他们对于满清、中原没有什么好感。
另一方面禁满清政府就更绝了，从康熙时代开始，满清在蒙古地区大力提倡喇嘛教，以宗教鸦片来麻醉广大蒙古人民。在清朝三百年中，一户蒙古人如有三到五个男子，就必须有二到三个出家当喇嘛。而喇嘛是不能娶妻的，长此以往，人口必然下降。再则，男不婚女不嫁，自然导致不正当的性行为，造成性病流行，严重的影响人口增长。《冯玉祥自传》中曾有这样的记载：“谈到人口，蒙古本有一千二百万人。在满清长期统治之后，今已减少至五十万人。满清利用喇嘛教以统治蒙古人民，凡有兄弟八人者，七人须当喇嘛；兄弟五人者，四人须当喇嘛；仅有一人可为娶妻生子的平民。当喇嘛者有红黄缎子穿，又可坐享优厚的俸禄。女子没有充当喇嘛的福气，但又难找得相当的配偶，于是都做了内地人泄欲的对象。因为由本部内地来的文武官吏及军队、商人，都以道远不能携带家眷，他们都可以在这里找到临时太太。一方面是七八个蒙古男子仅有一个妻子，一方面是一个蒙古女子，有若干的内地人为她的临时丈夫，事实上形成一个乱交的社会。同时男女卫生都不讲究，染上淋病、梅毒以后，惟有听其自然。当时活佛即患梅毒，烂塌了鼻子。据说目前检查结果，蒙古青年十七岁至二十五岁者百分之八十五都患有花柳病；二十五岁以上者，所占百分比自然更大了。这种现象是太可怕了，若任其继续存在，马上就会有灭绝种族的危险！那次和蒙古国民党的朋友谈及这个问题，他们把这一点也作为他们脱离中国而独立的理由。他们说：“你看，中国政府就这样防制我们，使我们即要灭种，使我们民族无法生存，你看我们怎么还能和你们在一起？”由此可见，蒙古人把对满清王朝的恨也带到了对我们整个中国上。
一个曾经人口众多，十分强悍，并且一度征服过欧亚大陆的许多国家的民族，在被满清统治三百年之后，人口一路的下降。从清朝初期的1000万左右人口，下降到辛亥革命时期的100万左右。这样的噩梦哪个民族能够接受，这样险些亡族灭种的惨祸谁人能够忘怀 。所以，也怪不得蒙古要脱离满清了。
